01途中変更が原則禁止とされる理由

1年単位の変形労働時間制は、対象期間（最長1年）の開始前に、各労働日およびその労働時間を労使協定で具体的に事前特定することが制度の核心要件です。労働者は変形期間開始時点で確定されたスケジュールを前提に休暇取得や私生活の設計を行うことができます。

そのため、いったん特定された労働日や週の労働時間を対象期間の途中で変更することは、原則として許されないと解されています（厚生労働省「労働基準法上」431頁参照）。特に1年という長期間にわたる制度であるため、労働者の生活への影響が1か月単位の変形制よりも大きく、制度の安定性確保が重視されます。

段階的特定方式でも変更は認められない

段階的特定（対象期間を1か月以上の区分に分けて、各区分開始の30日前までに具体的な労働時間を特定する方法）を採用している場合でも、一度確定した区分の労働時間を事後的に変更することは認められません。

02途中変更ができない場合の対応策

対象期間中に予定外の業務量の増加が発生した場合は、変形労働時間制の枠内での対応ではなく、36協定（時間外・休日労働に関する協定）に基づく時間外労働で対応することになります。

あらかじめ所定労働時間として特定された時間を超えて労働させた時間については、割増賃金（通常25%以上）を支払う必要があります。変形労働時間制の導入によって時間外労働の割増賃金支払義務が免除されるわけではなく、所定時間を超えた部分については常に割増賃金が発生します。

予定外業務増加への対応フロー

03休日出勤が必要になった場合の扱い

1年単位の変形労働時間制の対象期間中に、あらかじめ休日として設定した日に出勤させる必要が生じた場合は、変形労働時間制の途中変更ではなく、36協定に基づく休日労働として取り扱います。

法定休日と所定休日の区別

04対象期間中の制度廃止について

業態の変化や経営上の理由から、対象期間の途中で1年単位の変形労働時間制を廃止したいと考える使用者もいます。しかし、変形期間中に使用者が一方的に労使協定を廃止することは原則として認められません。廃止する場合は、過半数組合または過半数代表者との合意（新たな労使協定の締結）が必要です。

制度廃止後の残業代精算

制度を廃止した場合、廃止日以降は通常の労働時間規制（1日8時間・週40時間）に戻ります。廃止前の期間について、通常の残業代計算（廃止前の期間における総実労働時間と、廃止前の期間に対応する法定労働時間の総枠との比較）を行い、超過分があれば割増賃金を精算する必要があります。

05次の対象期間設定時の注意点

1年単位の変形労働時間制は、対象期間（最長1年）が終了するたびに、新たに労使協定を締結し労働基準監督署に届け出ることで継続できます。次の対象期間を設定する際には、前の対象期間の実績を振り返り、課題を改善した上で新たなスケジュールを設計することが重要です。

前期間の総枠精算が最初のステップ

まず、前の対象期間の実際の総労働時間と、対象期間に対応する法定労働時間の総枠を比較します。総枠を超えた時間がある場合は、既に時間外労働として処理した分を除いた残りについて割増賃金を精算し、その上で次の期間の協定締結に進みます。精算漏れは後日未払残業代として請求されるリスクがあるため、必ず対象期間終了後速やかに精算を行うことが必要です。

06途中変更を避けるための制度設計のポイント

途中変更が原則禁止である以上、制度を適切に機能させるためには、最初の設計段階で可能な限り実態に即したスケジュールを組むことが重要です。以下の点を意識した設計を行うことで、途中変更の必要性を最小限に抑えることができます。

① 過去の業務データを徹底分析する

過去数年間の月別・週別の実際の労働時間データや業務量データを分析し、繁閑のパターンを把握した上でスケジュールを設計することが基本です。1年単位という長期間を見通す必要があるため、できるだけ多くのデータに基づいて実態を反映したスケジュールを組むことが求められます。

② 特定期間を適切に活用する

年間の中で特に業務が集中する時期を特定期間として設定し、その期間中は最大12日間の連続勤務を可能にしておくことで、繁忙期への対応力を高めることができます。特定期間は複数設定することも可能なので、複数の繁忙期がある業種では積極的に活用することを検討しましょう。

③ 36協定の時間外労働枠を適切に確保する

どれほど精緻にスケジュールを設計しても、予期せぬ事態が生じる可能性はあります。変形期間中に時間外労働が発生する場合に備えて、36協定の時間外労働の上限をあらかじめ適切な水準で設定しておくことが重要です。特別条項付き36協定の締結も視野に入れて準備しておくと安心です。

07総枠精算・割増賃金の計算方法

1年単位の変形労働時間制では、対象期間終了時（または制度廃止時）に総枠精算を行う必要があります。対象期間全体の実際の総労働時間と、その期間に対応する法定労働時間の総枠を比較し、超過分について割増賃金を支払います。

法定労働時間の総枠の計算式

計算例（1年間の対象期間の場合）

途中入退社があった場合の精算

対象期間の途中で入社・退社した労働者がいる場合、その労働者に係る期間分だけを切り取った形で総枠を計算します。在籍期間の暦日数をもとに法定労働時間の総枠を算出し、実際の総労働時間と比較して超過分を精算します。

08実務上の注意点と弁護士への相談

1年単位の変形労働時間制における途中変更の問題は、制度設計の段階での対策が最も重要です。一度スケジュールを確定させると変更が原則できないため、設計のやり直しには対象期間の終了と新たな協定の締結を待つほかありません。

実務上の重要ポイントまとめ

1年単位の変形労働時間制の導入・運用、スケジュールの見直し、残業代トラブルへの対応については、使用者側専門の労働問題弁護士にご相談されることをお勧めします。当事務所は、会社経営者の立場から労働問題の予防・解決を支援しています。

最終更新日：2026年5月22日