フレックスタイム制の仕組みと導入方法【会社側弁護士が解説】
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フレックスタイム制とは、始業・終業時刻を労働者が自ら決定できる制度 清算期間（最大3か月）内に一定の総労働時間を確保することを条件に、各日の始業・終業時刻を個々の労働者が自由に選択できる制度（労基法32条の3）。コアタイムとフレキシブルタイムを設けるのが一般的 |
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就業規則への記載と労使協定の締結が必須要件 就業規則で始業・終業時刻の決定を労働者に委ねる旨を定め、さらに対象範囲・清算期間・総労働時間数・標準労働時間・コアタイムとフレキシブルタイムの時間帯を労使協定で定めることが必要 |
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清算期間中の総労働時間を超えた部分が時間外労働となる 清算期間（1か月以内）における時間外労働は「週法定労働時間×清算期間の日数÷7」を超えた部分。清算期間が1か月超の場合はさらに月ごとの計算も必要。割増賃金の管理を適切に行うことが重要 |
目次
01フレックスタイム制とは——制度の概要と特徴
フレックスタイム制とは、労使協定で定める1か月などの清算期間について、一定の総労働時間を確保することを条件として、始業・終業時刻を個々の労働者が自ら決定できる労働時間制のことです（労基法32条の3）。
通常の固定時間制では会社が定めた時刻に出退勤するのが基本ですが、フレックスタイム制を導入することで、生活リズムや業務の繁閑に応じて柔軟に労働時間を調整できるようになります。優秀な人材の確保・定着やワークライフバランスの向上を図りたい会社にとって有効な選択肢の一つです。
フレックスタイム制では一般的に、必ず勤務すべき時間帯であるコアタイムと、始業・終業時刻を自由に選択できる時間帯であるフレキシブルタイムを設けます。ただし、フレキシブルタイムが極端に短いと、実質的に労働者が始業・終業時刻を決定できるとは評価されないとされていますので、十分な幅を設けることが必要です（昭和63年1月1日基発1号等）。
【メリット】労働者の自律的な時間管理・モチベーション向上、優秀な人材の採用・定着、生産性向上への期待
【デメリット・注意点】勤怠管理が複雑になる、コアタイムのない「完全フレックス」ではチームの連携に工夫が必要、割増賃金計算が複雑になる
02就業規則と労使協定に定めるべき必要事項
フレックスタイム制を導入するためには、①就業規則への記載と②労使協定の締結の両方が必要です。
就業規則に定めること
就業規則には、始業・終業時刻の両方を労働者の決定に委ねる旨を定める必要があります。始業と終業のどちらか一方だけを委ねる規定では足りず、また「出勤時間は何時でもよいが1日8時間は働くこと」という定め方も、終業時刻の選択が労働者に委ねられていないため認められません。
なお、1日ごとに時間管理をし、割増賃金も法律どおり支払っている場合、フレックスタイム制としては認められませんが、労基法上は適法な扱いとして許容される場合があります。
労使協定に定めること
フレックスタイム制に関する労使協定では、次の事項を定めなければなりません。
① 対象労働者の範囲
② 清算期間および起算日
③ 清算期間中に労働すべき総労働時間数
④ 標準となる1日の労働時間
⑤ コアタイムを設ける場合はその開始・終了時刻
⑥ フレキシブルタイムを設ける場合はその開始・終了時刻
なお、清算期間が1か月を超える場合（最長3か月まで）は、労使協定を所轄の労働基準監督署に届出することも必要です（労基法32条の3第4項）。
03清算期間中に労働すべき総労働時間数の計算方法
清算期間中に労働すべき総労働時間数は、次の計算式で求めます。
【計算式】
週法定労働時間（40時間）× 清算期間の暦日数 ÷ 7日
例えば、清算期間を1か月（31日）とする場合、40時間 × 31日 ÷ 7日 = 約177.1時間が上限の総労働時間数となります。
フレックスタイム制にも関わらず1日または1週の法定労働時間をそのまま適用したのでは、法定労働時間の弾力的運用にならず制度の利便性が失われます。そのため、清算期間を設定し、上記計算式で求めた総労働時間数以内の労働であれば、特定の日や週に法定労働時間の枠を超えて労働したとしても時間外労働にはならない扱いが認められています。
ただし、清算期間における実際の総労働時間が上記の限度を超えた場合、その超過分については割増賃金を支払う必要があります。
04会社経営者が知っておくべき運用上の注意点
勤怠管理と割増賃金計算の複雑化に備える
フレックスタイム制を導入する際に会社側がとくに注意すべき点は、勤怠管理と割増賃金の計算が通常の固定時間制より複雑になることです。清算期間ごとに実労働時間を集計し、総労働時間との過不足を管理する必要があります。
実労働時間が所定の総労働時間を超えた場合は割増賃金を支払い、不足した場合は次の清算期間に繰り越すか（協定で定めた場合）、賃金から控除するかの処理が必要です。これらの仕組みを労使協定に明記しておくことが重要です。
制度導入前に労使間で十分に周知する
フレックスタイム制は、労働者にとって自由度が高まる一方、自己管理が求められる制度です。制度の趣旨・仕組み・ルールを従業員に十分に説明し、理解を得た上で導入することが重要です。制度の誤解や不満がトラブルの原因になることもありますので、説明会の実施や資料の配布などを行うことをお勧めします。
また、フレックスタイム制を導入したからといって、業務命令による長時間労働の抑制や安全配慮義務がなくなるわけではありません。適切な勤怠管理と健康管理は引き続き会社の責務として行う必要があります。
監修者
弁護士法人四谷麹町法律事務所 代表弁護士 藤田 進太郎
東京大学法学部卒業。2003年弁護士登録。日本弁護士連合会会員労働法制委員会委員・事務局次長・最高裁行政局との労働審判制度に関する協議会協議員、第一東京弁護士会労働法制委員会委員・研修部会副部会長、経営法曹会議会員・第112回経団連労働法フォーラム報告担当者、労働審判員連絡協議会特別会員、日本労働法学会会員、東京麹町ロータリークラブ会員・2023-24年度幹事。
講演・著作 ／ 「会社経営者のための問題社員対応講座」（YouTube）
日本全国各地の会社経営者の皆様へ
弁護士法人四谷麹町法律事務所代表弁護士の藤田進太郎です。私は、労働問題のストレスから会社経営者の皆様を解放したいという強い思いを持っており、日本全国各地の会社経営者のために、問題社員、退職勧奨、労働審判、残業代トラブルなどの労働問題の予防解決に当たっています。フレックスタイム制の導入・就業規則の整備でお悩みでしたら、弁護士法人四谷麹町法律事務所にご相談ください。事務所会議室での経営労働相談のほか、ZoomやTeamsでのオンライン経営労働相談を実施しています。
Q&Aよくある質問
Q1. フレックスタイム制を導入すると、残業代は不要になりますか。
A. いいえ、残業代が不要になるわけではありません。清算期間中の実労働時間が所定の総労働時間を超えた部分については、割増賃金（時間外労働として25%増以上）を支払う必要があります。フレックスタイム制は時間外労働の発生をゼロにする制度ではなく、時間管理の弾力化を図る制度です。
Q2. コアタイムは必ず設けなければなりませんか。
A. コアタイムの設置は必須ではありません。コアタイムを設けない「完全フレックスタイム制」も法律上は認められています。ただし、チームでの会議調整や業務の連携上、ある程度の共通時間帯を設けることが実務上は有益なケースが多いです。自社の業務特性に合わせて判断することをお勧めします。
Q3. 清算期間はどのくらいの長さにすることができますか。
A. 清算期間は最長3か月まで設定することができます（2019年の法改正により従来の1か月から延長）。ただし、清算期間が1か月を超える場合は、労使協定を所轄の労働基準監督署に届出することが必要です（労基法32条の3第4項）。また、1か月ごとに週平均50時間を超えた労働時間については、その月のうちに割増賃金を支払う必要があります。
Q4. 全従業員にフレックスタイム制を適用しなければなりませんか。
A. フレックスタイム制は、対象となる従業員の範囲を労使協定で定めることができます。特定の部署・職種のみに適用することも可能です。例えば、顧客対応が多く時間が固定されている部署を除外し、開発部門のみに適用するといった運用も認められています。
最終更新日：2026年5月26日
フレックスタイム制の仕組みと導入手順を会社側弁護士が解説。始業・終業時刻の委任要件、労使協定の必要記載事項、清算期間の計算方法、時間外労働の取扱い、運用上の注意点まで実務に直結した内容でわかりやすく解説します。東京・全国対応。