労働問題672 裁量労働制対象者の深夜・休日労働の時間管理方法【会社側弁護士が解説】

専門業務型裁量労働制では、労働時間数のみをみなす制度であり、深夜・休日に関する規制は適用除外とはなりません。深夜帯に労働させた場合には深夜割増賃金の支払いが必要であり、その時間管理についても使用者は一定の対応を求められます。本記事では会社側弁護士が、裁量労働制の対象者が深夜・休日に労働した場合の時間管理の方法と実務的留意点を解説します。

01専門業務型裁量労働制とは

専門業務型裁量労働制（労働基準法第38条の3）とは、業務遂行の手段・方法や時間配分の決定を労働者の裁量に委ね、使用者が具体的な指揮命令を行わないことを前提として、労使協定で定めた一定の時間数を実際の労働時間として「みなす」制度です。

この制度の核心は、「労働時間の量（時間数）をみなすこと」にあります。すなわち、実際に何時間働いたかにかかわらず、協定で定めたみなし時間を労働したものとして取り扱います。ただし、みなしの対象はあくまで「時間数」であり、「時間帯」や「就労の有無」はみなしの対象ではありません。

02深夜・休日に関する法的規制の適用関係

行政通達（昭和63年3月14日基発150号、平成12年1月1日基発1号）では、専門業務型裁量労働制に関するみなし規定が適用される場合であっても、休憩・深夜業・休日に関する規定の適用は排除されないと明示されています。

したがって、使用者は以下の義務を負います。

• 深夜割増賃金（労基法第37条第4項）：午後10時〜翌午前5時の時間帯に労働させた場合、25%以上の深夜割増賃金の支払い義務がある
• 休日労働に関する規制（労基法第35条）：法定休日に労働させる場合は35%以上の割増賃金が必要（ただしみなし制度下での算定方法について別途検討が必要）
• 休憩時間の付与（労基法第34条）：実際の労働時間に応じた休憩時間を確保する義務は残る

03深夜労働の時間管理の方法

裁量労働制においても深夜割増賃金の支払いが必要となる以上、使用者は深夜時間帯における実際の労働時間を把握する必要があります。ただし、裁量労働制の性質上、労働時間帯をみなすことはできないため、実際に深夜に労働したか否かを何らかの方法で確認しなければなりません。

実務上の対応方法として、以下の手段が考えられます。

• 深夜労働の事前許可制：深夜時間帯に業務を行う場合は事前に届出・許可を得ることを義務付け、許可がある場合のみ深夜労働として認める
• 労働者からの申告制：深夜労働を行った場合は労働者が翌日以降に報告する仕組みを設ける
• PC・システムのログ記録：業務用PCの起動・シャットダウン時刻、社内システムへのアクセスログなどを深夜時間帯の証拠として活用する

04休日労働の時間管理の方法

裁量労働制の対象者が法定休日（週1日）または所定休日に労働した場合の取り扱いも問題となります。みなし時間制度は所定労働日を前提とした制度であり、休日については別途、何時間労働したとみなすかを予め定めておく方法が考えられます。

休日労働に関する実務的な対応方法としては、以下が考えられます。

• 労使協定での取り決め：休日労働時のみなし時間数を所定労働日と同様の時間数とするか、別途設定するかを協定で定める
• 休日労働許可制の導入：休日の業務は事前の許可を要件とし、記録として残す
• 代休・振替休日の整備：休日労働が生じた場合の代休・振替休日制度を就業規則に整備し、割増賃金との関係を明確にしておく

なお、法定休日労働については、割増率35%以上の賃金支払いが必要となる点（労基法第37条第1項）は裁量労働制の対象者にも適用されます。

05会社側の実務的対応と整備事項

裁量労働制を導入している会社が深夜・休日労働に適切に対応するために、以下の整備が推奨されます。

• 就業規則への深夜・休日許可制の明文化：深夜・休日に業務を行う場合の手続きと賃金処理を明確に規定する
• 労使協定の整備：休日労働時のみなし時間数や深夜割増の計算基準を定めておく
• 客観的記録の整備：PC・スマートフォン・入退館記録等により、深夜・休日の実際の労働実態を把握できる体制を整える
• 対象労働者への周知：深夜・休日業務には事前許可が必要であること、無断の深夜・休日業務は割増賃金の対象とならない可能性があることを周知する
• 専門家への確認：みなし制度と割増賃金の交錯する問題は解釈が複雑なため、導入・運用にあたっては弁護士や社会保険労務士への事前相談を推奨します

SUPERVISOR

監修者

弁護士法人四谷麹町法律事務所　代表弁護士 藤田 進太郎

東京大学法学部卒業。2003年弁護士登録。日本弁護士連合会会員労働法制委員会委員・事務局次長・最高裁行政局との労働審判制度に関する協議会協議員、第一東京弁護士会労働法制委員会委員・研修部会副部会長、経営法曹会議会員・第112回経団連労働法フォーラム報告担当者、労働審判員連絡協議会特別会員、日本労働法学会会員、東京麹町ロータリークラブ会員・2023-24年度幹事。
講演・著作　／　「会社経営者のための問題社員対応講座」（YouTube）

日本全国各地の会社経営者の皆様へ

弁護士法人四谷麹町法律事務所代表弁護士の藤田進太郎です。私は、労働問題のストレスから会社経営者の皆様を解放したいという強い思いを持っており、日本全国各地の会社経営者のために、問題社員、退職勧奨、労働審判、残業代トラブルなどの労働問題の予防解決に当たっています。就業規則・裁量労働制の導入・整備でお悩みでしたら、弁護士法人四谷麹町法律事務所にご相談ください。事務所会議室での経営労働相談のほか、ZoomやTeamsでのオンライン経営労働相談を実施しています。

06よくある質問（FAQ）

最終更新日：2026年5月