労基法に定める基準に達しない労働条件を定める労働契約は，その部分については無効となり，無効となった部分は，労基法で定める基準によることになります（労基法13条）。労基法39条で定められている年次有給休暇を取得できない旨の合意は無効となり，労基法39条の年休取得の要件を満たしている場合は，貴社は年休取得に応じざるを得ないことになります。仮に，年休がない旨，「書面」で合意され，社員の署名押印があったとしても，この結論は変わりません。
　年休取得を理由として，賃金の減額，解雇等の不利益処分をすることもできませんので（労基法136条），入社時の約束に違反したことを理由として，一方的に賃金を減額したり，解雇したりすることもできません。