会社が実施する健康診断の時間は労働時間になるか？【会社側弁護士が解説】
「健康診断の受診時間は賃金を払うべきか」「法定の健康診断を就業時間外に実施した場合、割増賃金は必要か」——こうした疑問は、多くの会社経営者・人事担当者が抱えている問題です。健康診断の時間が労働時間に該当するかどうかは、健康診断の種類と実施方法によって異なります。
労基法は、一般健康診断（安衛法66条1項）について、その受診時間を労働時間として扱うか否かは「労使間の協議によって定める」と解されています。他方、有害業務従事者に対する特殊健康診断（安衛法66条2〜5項）については、業務遂行との直接的な関連から、受診時間は労働時間に該当すると解されています。
本記事では、会社側専門弁護士の視点から、健康診断と労働時間の関係・賃金支払の要否・時間外・休日実施時の割増賃金の扱い・実務上の注意点を解説します。
01一般健康診断の受診時間と賃金支払の取扱い
労働安全衛生法66条1項に基づく一般健康診断（定期健康診断・雇入時健康診断等）の受診時間については、行政解釈上、「当該時間は、健康診断の実施に要する時間であり、その時間を賃金を支払うべき時間とするか否かは、労使間の協議によって定めるのが相当である」とされています（昭和47年9月18日基発602号）。
つまり、一般健康診断の受診時間は、法的に当然に「賃金支払義務のある労働時間」とはならないということです。会社としては、就業規則や労使協定で受診時間の取扱いを明確にしておくことが重要です。実務上は、受診時間を有給扱いとしている会社が多いですが、法的義務はありません。
ただし、実務を運用する際に注意が必要なのは、受診時間を無給・欠勤扱いにすると、受診を控える労働者が増え、健康管理上の問題が生じるリスクがある点です。また、特定の業務に従事する労働者に対しては特殊健康診断の受診が義務付けられており、その取扱いは一般健康診断とは異なります。
なお、健康診断は所定労働時間内に実施することが望ましく、就業時間外に実施する場合は事前にルールを定めておくことがトラブル防止につながります。
02特殊健康診断の受診時間は労働時間に該当する
有害業務従事者に対して義務付けられる特殊健康診断（安衛法66条2〜5項。じん肺健診・鉛健診・有機溶剤健診等）については、行政解釈上、「特殊健康診断は、事業の遂行と密接に関連するものであるから、当該健康診断に要する時間は、労働時間と解すべき」とされています（昭和47年9月18日基発602号）。
したがって、特殊健康診断の受診時間は労働時間に該当し、会社は当該時間に対して賃金を支払う義務があります。時間外・休日に実施した場合には、割増賃金の支払も必要です。
会社経営者としては、有害業務に従事する労働者を抱えている場合、特殊健康診断を所定労働時間内に実施することを基本とし、時間外・休日に実施する必要がある場合は36協定の締結と割増賃金の支払を忘れずに行ってください。
また、特殊健康診断の結果に基づいて就業制限・配置転換・就業禁止等の措置が求められる場合があります。これらの対応については会社側専門弁護士に相談しながら進めることが望まれます。
03時間外・休日に健康診断を実施した場合の賃金
一般健康診断を所定労働時間外または休日に実施した場合、その受診時間の賃金支払義務の有無は、一般健康診断の労働時間非該当の原則に従い、労使間の合意によって決まることになります。したがって、就業規則等で「健康診断の受診時間は有給扱いとする」と定めていない限り、所定外の受診時間に対して当然に賃金を支払う義務があるわけではありません。
一方、特殊健康診断を時間外または休日に実施した場合は、受診時間が労働時間に該当するため、時間外労働・休日労働として割増賃金の支払が必要です（労基法37条）。割増率は時間外労働の場合25%以上（月60時間超は50%以上）、休日労働の場合35%以上です。
会社経営者としては、健康診断の実施計画を立てる際に、就業時間内・外の区別を意識し、一般健康診断と特殊健康診断で取扱いが異なることを正しく理解して賃金管理を行うことが重要です。健康診断の実施時間や賃金の取扱いについて就業規則に明記しておくことが、後日のトラブル回避につながります。
04健康診断と労働時間管理の実務対応
会社として健康診断に関する労務管理を適切に行うためには、まず健康診断の種類（一般・特殊）ごとに受診時間の取扱いを就業規則に明記することが基本です。「一般健康診断の受診時間は有給扱いとする」「特殊健康診断の受診時間は労働時間として賃金を支払う」というように明確なルールを設けることで、労使間の認識の齟齬を防ぐことができます。
次に、健康診断は所定労働時間内に実施することを原則とし、やむを得ず所定労働時間外・休日に実施する場合は、賃金処理を適切に行うことが必要です。特殊健康診断については、時間外・休日実施の場合に割増賃金が発生することを忘れないようにしてください。
また、健康診断の結果に基づく事後措置（医師からの意見聴取・就業上の措置等）も適切に行う必要があります。これを怠った場合、安全配慮義務違反として会社が損害賠償責任を負うリスクがあります。労働安全衛生法上の健康診断義務を果たしつつ、労基法上の賃金管理も適切に行うことが、会社を守ることにつながります。
監修者
弁護士法人四谷麹町法律事務所 代表弁護士 藤田 進太郎
東京大学法学部卒業。2003年弁護士登録。日本弁護士連合会会員労働法制委員会委員・事務局次長、最高裁行政との労働審判制度に関する協議会協議員、第一東京弁護士会労働法制委員会委員・研修部会副部会長、経営法曹会議委員、第112回経団連労働フォーラム報告担当者、労働審判員連絡協議会特別会員、日本労働法学会会員、東京麹町ロータリークラブ会員。2023-24年度幹事。
講演・著作 ／ 「会社経営者のための問題社員対応講座」（YouTube）
日本全国各地の会社経営者の皆様へ
弁護士法人四谷麹町法律事務所代表弁護士の藤田進太郎です。私は、労働問題のストレスから会社経営者の皆様を解放したいという強い思いを持っており、日本全国各地の会社経営者のために、問題社員、退職勧奨、労働審判、残業代トラブルなどの労働問題の予防解決に当たっています。健康診断の労働時間管理・賃金の取扱いでお悩みでしたら、弁護士法人四谷麹町法律事務所にご相談ください。事務所法務相談室での経営労働相談のほか、ZoomやTeamsでのオンライン経営労働相談を実施しています。
05よくある質問（FAQ）
Q1. 定期健康診断の受診時間に対して賃金を支払う法的義務はありますか？
一般定期健康診断（安衛法66条1項）の受診時間については、法的に「当然に賃金を支払わなければならない労働時間」とはされていません。賃金支払の有無は労使間の合意によって決まります。ただし、受診時間を無給とすると、労働者が受診を控えるリスクが生じるため、有給扱いとすることが実務上望ましいとされています。
Q2. 特殊健康診断を所定労働時間外に実施した場合、割増賃金は必要ですか？
はい、必要です。特殊健康診断の受診時間は業務遂行と密接に関連するため労働時間に該当します。所定労働時間外・休日に実施した場合は、時間外労働・休日労働として割増賃金（時間外25%以上、休日35%以上）の支払が必要です。36協定の締結・届出も忘れずに行ってください。
Q3. 就業規則で健康診断の受診時間を「無給」と定めることは可能ですか？
一般健康診断については、受診時間を無給と定めること自体は直ちに違法ではありません。しかし、特殊健康診断の受診時間は労働時間であり、これを無給と定めることは労基法違反となります。また、一般健康診断についても、無給とすることで受診率が低下し、健康管理上のリスクが高まる点に注意が必要です。
Q4. 健康診断の事後措置（就業制限等）を怠った場合、どのようなリスクがありますか？
医師の意見を踏まえた就業上の措置（就業制限・配置転換・休業等）を怠った場合、安全配慮義務違反として会社が損害賠償責任を負う可能性があります。また、安衛法上の義務違反として行政処分・刑事罰の対象となる場合もあります。健康診断の実施だけでなく、その後の措置まで適切に行うことが会社の責務です。
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最終更新日：2026年5月10日