1フレックスタイム制と清算期間の仕組み

フレックスタイム制は、一定の期間（清算期間）における総労働時間をあらかじめ定め、その範囲で労働者が日々の始業・終業時刻を決定する制度です（労働基準法第32条の3）。コアタイムを設ける場合などは、就業規則や労使協定で定めた条件に従います。

清算期間内の実際の労働時間が、あらかじめ定めた総労働時間と完全に一致するとは限りません。業務の繁閑や勤務状況により、清算期間の終了時点で過不足が生じることがあります。この過不足の処理では、労働基準法の賃金全額払いの原則や、毎月１回以上の一定期日払いの原則に注意する必要があります。

2超過した場合の賃金処理

清算期間中の実労働時間が、労使協定で定めた総労働時間を超えた場合には、超過した時間分の賃金を適切に清算する必要があります。

超過時間分の賃金を支払わず、翌期に繰り越すことはできません

超過した時間分の賃金を支払わず、その時間を次の清算期間の総労働時間の一部に充当することはできません。当該清算期間の労働に対する賃金の一部を支払わないことになり、労働基準法第24条の賃金全額払いの原則に反します。

また、労使協定で定めた総労働時間を超えた時間と、法律上の時間外労働に該当する時間は、必ずしも一致しません。超過分の賃金の清算に加え、法定労働時間の総枠などに基づいて時間外労働を計算し、必要な割増賃金を支払います。

3不足した場合の賃金処理

清算期間中の実労働時間が、労使協定で定めた総労働時間に達しなかった場合には、主に次の２つの処理方法があります。就業規則・賃金規程等の定めや不足が生じた事情を確認したうえで、取扱いを判断します。

方法①：不足時間に相当する賃金を控除して清算する

不足時間に相当する賃金を控除し、その清算期間内で処理する方法です。控除の可否や計算方法は、就業規則・賃金規程等の定めに照らして確認します。この方法で賃金を控除した不足時間を、さらに次の清算期間に上積みして働かせる取扱いとは区別してください。

方法②：定めた賃金を支払い、不足時間を次の清算期間に繰り越す

あらかじめ定めた総労働時間に対応する賃金を支払ったうえで、不足時間を次の清算期間の総労働時間に上積みする方法です。繰り越す不足時間を加えた次の清算期間の総労働時間が、法定労働時間の総枠の範囲内に収まることが必要です。

この方法は、前の清算期間に実際の労働時間に対する賃金よりも多く支払った分を、次の清算期間で清算するものです。繰り越すことのできる時間数の上限や処理方法を、あらかじめ明確にしておくことが重要です。

4行政解釈に基づく取扱い

厚生労働省の解説では、清算期間の労働時間に過不足が生じた場合について、次のように整理されています。以下は説明の要約です。

参考： 厚生労働省「労働時間に過不足が生じた場合について」

5実務上の注意点

フレックスタイム制における賃金処理を適切に行うために、会社側として以下の点を確認しましょう。

（1）労働時間の正確な把握

フレックスタイム制であっても、使用者には労働時間を適切に把握・管理することが求められます。日々の勤務実績を記録し、清算期間の実労働時間と、支払うべき賃金額を確認します。

（2）時間外割増賃金の支払い漏れに注意

清算期間が１か月を超える場合には、清算期間を開始日から１か月ごとに区分した各期間について、週平均50時間を超える労働時間を確認します。この部分の割増賃金は、清算期間末を待たず、対応する賃金支払日に支払う必要があります。

清算期間の終了時には、期間全体の時間外労働を計算し、既に割増賃金の支払対象とした時間を二重に計上しないよう清算します。深夜労働・法定休日労働や、月60時間を超える時間外労働に適用される割増率も、別途確認が必要です。

（3）就業規則・労使協定の整備

清算期間や総労働時間などの制度内容を就業規則・労使協定に適切に定めるとともに、過不足が生じた場合の賃金処理を賃金規程等で明確にします。不足時間の控除と繰越しを混同せず、従業員への説明と実際の給与計算を一致させることが重要です。

（4）紛争予防のための対応

制度の定めと実際の運用に食い違いがあると、未払賃金請求などの問題につながることがあります。規程、勤怠記録、給与計算を照らし合わせ、自社の運用に合った処理になっているかを定期的に確認しましょう。

監修者 弁護士 藤田 進太郎 弁護士法人四谷麹町法律事務所　代表弁護士 東京大学法学部卒業。2003年弁護士登録。第一東京弁護士会所属。会社側・経営者側専門の弁護士として、企業の労働問題に対応しています。 代表弁護士の紹介 オンライン経営労働相談のご案内

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