労基法41条は、管理監督者について、労働時間、休憩時間及び休日に関する規定の適用除外を認めていますが、深夜業（労基法37条3項、61条）及び年次有給休暇（労基法39条）の規制に関する規定は適用されるため、管理監督者であっても、深夜割増賃金の支払は必要です。
　通達（昭和23年10月14日基発1506号）でも、「法第41条は深夜業の規定の適用を排除していないから、24時間交替勤務することを条件として賃金が定められている労働者について、法第41条第3号によって使用者が行政官庁の許可を受けて使用する場合にあっても、使用者は深夜業の割増賃金を支払わなければならない。」としています。
　裁判例（ことぶき事件最高裁平成21年12月18日判決）でも、「労基法41条2号の規定によって同法37条3項の適用が除外されることはなく、管理監督者に該当する労働者は同項に基づく深夜割増賃金を請求することができるものと解するのが相当である。」と、同趣旨のことを述べています。

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