専門業務型裁量労働制の適用が認められた場合，定めたみなし時間が法定労働時間を超える場合に限り，当該時間分の残業代が発生します。
　専門業務型裁量労働制の残業代を計算する際の基礎賃金は，「月額賃金÷当該月のみなし労働時間数」で計算します。あらかじめ法定労働時間を超えたみなし労働時間数を定めていることからすれば，その法定労働時間を超える時間に対して乗ずる率は125％ではなく25％で足り，100％部分は元々の賃金に含まれていると考えられています。
　また，専門業務型裁量労働制の適用が認められた場合であっても，法定休日や深夜（22時～5時）に労働させた場合は，割増賃金を支払わなければなりません。休日に労働させた場合は，実労働時間に基づいて労働時間数を算定し，135％の割増率で残業代を支払う必要があると考えます。